Потому что для обслуживания Linux нужно больше умных людей т.к. инструментов для его раскрутки нгедостаточно. А вот Microsoft очень много вкладывается в раскрутку своей ОС пообряя разработчиков и выкладывая много всего бесплатно.
Отсюда перекос. Под винду спеца найти проще чем под Линукс. Последние очень круто знают ОС, но редки и стоят очень дорого. К тому же небезопасно держать всё на линуксе. Потеряв ключевых спецов всё посыпется. С виндой проще - там конфигов гораздо меньше.