Геологическое строение и состав почв в бассейне реки. Минералы и породы, через которые проходит вода.
Растительность в водосборном бассейне. Леса и болота фильтруют воду, задерживая загрязнения. Торфяники могут обогащать воду гуминовыми кислотами, придавая ей коричневатый оттенок.